Hay un buen montón de programas dedicados al tema que son capaces de unir las fotos de forma automatica, rapida, con buenos resultados y con la posibilidad de guardarlos en diversos formatos tipo JPG, flash o como el Panorama Maker que puede hacerlo en ficheros MOV de QuickTime p.e.
En cuanto a cual usar, puedo decirte que conozco otras personas que les gusta el tema y ninguno coincidimos en cual es el mejor. Cada programa tiene sus cosillas y en ocasiones depende bastante de las fotos con las que se ha de crear la panorámica que un programa responda mejor que otro.
En este enlace puedes encontrar varios:
http://www.dzoom.org.es/noticia-1606.html