Muy buena pregunta. No soy de los que suelen usar el Mapsource o el Basecamp pero si no estoy equivocado el Basecamp no guarda track por track en una carpeta sino que usa un archivo en el que se va almacenando toda la información que usas en el programa por lo que para realizar la tarea de guardar un determinado track deberías seleccionarlo y exportarlo desde el menú "Archivo/Exportar/Exportar selección...".